《骇客任务3：最后战役》
在第三部电影开始时，史密斯已经成功地将自己复制到母体中几乎所有的人形生物上，从而使他可以完全控制“核心网络”（母体内部工作的基础），从而使他成为不可改变的人。 甚至机器本身。祭师向尼欧解释说，他和史密斯的能力已经相等，而史密斯是尼欧的反面，这是母体试图平衡自身的方程式的结果，她还告诉尼欧，除非有人能阻止他，否则史密斯将毁灭母体和现实世界。史密斯很快就覆写了祭师，并获得了预知的力量，后来又表现出与尼欧相当的扭曲现实的力量，例如飞行能力。同时，在现实世界中，贝恩（被史密夫控制）侵入尼欧和崔妮蒂的飞行舰，并试图杀死他们。尼欧在战斗中被弄瞎了双眼，但发现他现在可以敏锐地感知到史密斯的本质，并杀死被史密夫控制的贝恩。
接近电影的高潮时，尼欧决定与机器做一个交易，他愿意回到母体击败史密斯，来换取锡安的保全，并警告他们史密斯已经脱离了掌控，并最终传播到机器之城，将导致人类与机器的毁灭，机器接受了他的提议，并命令所有攻击锡安的哨兵停止攻击。随后他们为尼欧提供了连接，使他可以进入母体阻止史密夫。尽管母体现在已经由史密斯及其复制人们控制，但获得了祭师力量的史密斯独自一人与尼欧作战，因为他已经预见了自己的胜利，并且不需要他的复制人们的帮助。战斗开始时，两者几乎势均力敌，虽然说尼欧的战斗能力似乎胜于史密斯，这一直持续到尼欧能够用力猛击史密斯，使其猛烈撞击至少20英尺外的街道。然而，随著持续不断地战斗，显然尼欧无法以有限的耐力击败不倦的史密斯，后者在战斗中开始主宰尼欧，到战斗结束时，他能够残酷地击败尼欧。在这场战斗中，史密斯向尼欧解释了他虚无主义式的领悟：“正是你的一生教会了我人生的目的，人生的目的就是迈向终结。”
当尼欧即将要被打败时，史密斯要求知道为什么他仍然坚持继续战斗，即使他知道自己无法取胜。尼欧冷静地回答：“因为这是我的选择”，结果被愤怒的史密斯残酷地殴打。史密斯突然从他的预言中意识到了这一点，他被迫传达了他在预知中所说的话：“正如我说...凡事有始必有终”，他的话使他自己感到困惑和恐惧。而尼欧早已明白自己无法超越史密斯，因此选择让自己被史密夫覆写。由于史密斯删除了母体异常的集合体（救世主，也就是尼欧），所以他已失去存在意义，因此也终将被系统删除。而史密夫覆写尼欧后已透过他的肉体直接连接到“万物之源”（the Source），所以机器可以销毁史密斯的所有复制体并重新启动母体而不会出错。这个过程确实杀死了尼欧，但也摧毁了史密斯。尼欧的身体被机器带走，而锡安与机器世界之间则暂时得到和平。